До открытия храма Святого архангела Михаила (и до недавнего прошлого Музея Возрождения) богослужения на церковнославянском языке отправлялись лишь в храме Святого великомученика Георгия. По желанию тогдашнего вице-консула города Александра Рачинского греческий митрополит дал свое согласие на то, чтобы службы в этой церкви велись на церковнославянском языке.

3 апреля 1860 г. тырновский митрополит Илларион Макариопольский - один из самых активных борцов за церковную независимость Болгарии - провозгласил в Константинополе отделение Болгарской церкви от Константинопольской патриархии. В ответ на это разгневанный греческий владыка запретил использовать славянский язык в богослужениях.

Однако вскоре в Варне создается школьная община, в задачи которой входит строительство болгарской школы и церкви. Школа была открыта 25 июля 1862 г. Дело было за церковью. Сначала ее хотели назвать в честь Святых Кирилла и Мефодия. В 1865 г. было принято решение приспособить под церковь нижний этаж школы. Этим объясняется и нарушение канона - храм не обращен на восток. Церковную утварь привез из церкви в деревне Николаевка в ночь на 14 февраля эконом Константин Дыновский. На масленицу была отслужена первая литургия в новом храме, освященном в честь Святого архангела Михаила. Сохранились сведения о том, что на службу собралось множество людей не только из города, но и из окрестных деревень.

К сожалению варненцев, многолетнее сосуществование Музея Возрождения и церкви Святого архангела Михаила прекратилось в мае 2002 г. По решению суда после долгих и неуместных для обоих учреждений споров здание и двор, где размещался музей, были переданы церкви.